Vor zwei Jahren dachte Jason Bourne (Matt Damon), er wäre seiner Vergangenheit endgültig entkommen. Doch nun steht seine Vergangenheit wieder vor der Tür.
Goa, Indien. Als in dem idyllischen Küstenstädtchen, wo Bourne und Marie vorübergehend ein Zuhause gefunden haben, plötzlich ein russischer Killer auftaucht, lassen die beiden alles stehen und liegen und versuchen diesen Ort so schnell wie möglich zu verlassen. Sie wissen nur zu gut: Die einzige Möglichkeit zu überleben liegt in der Flucht. Doch diesmal scheint das Schicksal sie im Stich zu lassen.
Wenn eine bestimmte Grenze aber erst überschritten ist und es in einem neuen, weltweiten Katz-und-Maus-Spiel um noch höhere Einsätze geht als beim ersten Mal, dann kehrt der Jason Bourne zurück, den "Treadstone" - die zerschlagene US-Geheimorganisation, die kaltblütige Berufsmörder ausbildete - erschaffen hat. Und aus dem Schläfer Jason Bourne wird wieder eine eiskalte und tödlich präzise Kampfmaschine. Ihr Ziel: Die wahren Mörder des CIA-Agenten zu enttarnen und aufzudecken, wer und was hinter dieser Verschwörung steckt.